原因
オブジェクトを複製した際に、普通に操作した場合は下部へ配置したオブジェクトのレイヤーが上にくるとケースが多いと思います。
理由はCtrl+C→Ctrl+Vとレイヤーをコピーしたオブジェクトは、該当オブジェクトの背面に設置されるため、何気なく最前面のオブジェクトを下に移動すると、レイヤー構造では一番上にあるオブジェクトを選択ツールで下に移動してしまうことにあります。
またオブジェクトの反復コピー（alt+移動→Ctrl+D）と操作した場合も同様に、オブジェクトの順序とレイヤーの順序が逆転します。
解決策
オートレイアウト化を行うことで、自動的にレイヤー構造が正しい順序へ並び変わります。
オートレイアウト化は、該当のオブジェクトをすべて選択し画面右側にあるプロパティパネルの「＋」ボタンを押すだけで完了します。
▼オートレイアウト化のボタン
▼オブジェクト順序
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